Ujjain est l'une des sept villes sacrées de l'hindouisme, elle fait aussi partie des sept villes où se déroule le Kumbh Mela (voir la ville de Nasik pour l'explication de cette fête.) La ville est mentionnée dans les Vedas (les textes sacrés des hindous).
Les origines de la ville sont très anciennes. Ujjain, appelée Avantika à l'époque, commença à se faire connaître sous le règne d'Ashoka au 3ème siècle avant J.-C. Les Gupta qui régnèrent sur la région du Malwa entre 320 et 540 firent d'Ujjain un important centre de leur royaume. Après les Gupta, les Rajpoutes contrôlèrent politiquement le plateau du Malwa, puis ce fut au tour des Parama et des sultans de Mandu. Ujjain fut plusieurs fois pillée par les provinces voisines (Chalukya, Chandela...).
Au 12ème siècle, le Malwa fut complètement envahi par les musulmans. La ville fut plusieurs fois capturée par les dynasties musulmanes qui se succédèrent. En 1562 le moghol Akbar prit Ujjain aux afghans Sur. Akbar et Aurangzeb contribuèrent financièrement à la restauration des anciens temples d'Ujjain. Au 17ème siècle les Marathes puis les Scindia prirent le contrôle de la ville et construisirent de nombreux temples. En 1810 les Scindia déplacèrent leur capitale d'Ujjain à Gwalior. Dès lors l'importance commerciale et politique de la ville déclina.