La cité de Bikaner fut fondée en 1488 par Bika, fils de Rao Jodha le fondateur de Jodhpur. Comme la plupart des souverains rajpoutes, ceux de Bikaner durent faire face aux Lodis et aux moghols. En 1537 ces derniers subirent une sévère défaite aux pieds des remparts de Bikaner. Mais la cité fut finalement prise par le raja de Jodhpur et Bikaner s'allia avec le dirigeant de Delhi de l'époque, Sher Shah Suri. Ses armées marchèrent sur Jodhpur et Sher Shah rétablit Rao Kalyanmal sur le trône de Bikaner en 1546.
À la fin du 16è siècle, et avec l'appui des moghols, Bikaner prit le contrôle de Jodhpur. Les états rajpoutes conservèrent leur indépendance face aux moghols mais lorsque le pouvoir de ces derniers commença à décliner, ils durent faire face à la montée en puissance des marathes puis des britanniques. La Compagnie des Indes et le maharaja de Bikaner signèrent un traité de bonne entente en 1818. Le maharaja Sardar Singh fut le seul souverain de tout le Rajasthan a avoir combattu aux côtés des anglais. Le maharaja Ganga Singh fut l'un des signataires du Traité de Versailles qui mit fin à la première guerre mondiale.
Bikaner, comme tous les états rajpoutes, fut intégré à l'Union Indienne en 1949. Le titre de maharaja de Bikaner est toujours transmis.
Bikaner est connu pour ses élevages de chameaux considérés comme faisant partie des meilleurs du monde. La foire aux chameaux de Bikaner est internationalement réputée.